Eisenberg thích mèo và đã nhận nuôi nhiều động vật.[49] Anh là một người ăn chay, và đã từng ăn kiêng trong khoảng thời gian ngắn.[50] Hắn đã liên kết với Farm Sanctuary và đã xuất hiện tại vài gala của họ.[51] Truyện ngắn của Eisenberg "Marv Albert is My Therapist" xuất hiện trên tờ The New Yorker năm 2013.[52] Eisenberg đã viết một vài truyện cười khác cho chuyên mục của The New Yorker "Shouts & Murmurs", cũng như cho tờ McSweeney.[53] Những câu chuyện này, cũng như một vài cậu chuyện khác, đã xuất hiện trong tiểu thuyết đầu tay của Eisenberg, Bream Gives Me Hiccups, được xuất bản vào ngày 8 tháng 9 năm 2015.[8] Anh đã hẹn hò với Anna Strout, Trưởng ban Sự kiện và Dự án đặc biệt cho Công ty Nghệ thuật Đô thị ở New York, và cũng là một nữ diễn viên, từ năm 2002 đến 2012.[54] Anh bắt đầu hẹn hò với nữ diễn viên Mia Wasikowska sau khi họ làm việc với nhau trong The Double.[55][56]

Trong khi quay bộ phim The Hunting Party ở Bosnia và Herzegovina năm 2006, Eisenberg đã nảy ra một ý tưởng về một trang web chơi chữ đơn giản, OneUpMe, nơi mọi người có thể đưa ra câu trả lời cho những chủ đề chơi chữ hàng ngày để "one-up" lẫn nhau về mức độ sắc sảo của câu trả lời. Anh đã nhờ người anh họ đầu tiên, Eric Fisher, người mà trước đây từng làm việc như một người chỉ đạo Thiết kế Xã hội ở Facebook, để tạo ra trang web. Bộ phận người dùng chính là Facebook.[57]

Eisenberg mắc chứng rối loạn ám ảnh cưỡng chế và khá công khai về nó. Anh nói về tình trạng của mình: "Tôi chạm vào đầu ngón tay một cách rất kì là; tôi không giẫm đè lên cách vết nứt; khi tôi bước sang một bề mặt mới từ thảm sang bê tông, hay từ bê tông sang gỗ, hay từ gỗ sang bê tông, bất kì bề mặt mới nào - tôi luôn đảm bảo mọi phần của bàn chân chạm mặt đất ngang nhau trước khi chạm vào bề mặt mới. Vậy nên tôi thường do dự trước khi bước vào một căn phòng mới."[58]

Vào tháng chín 2015, Eisenberg tuyên bố rằng, bắt đầu từ tháng mười một, anh ấy sẽ quyên góp cho Middle Way House, một nơi trú ẩn cho nạn nhân bạo lực gia đình ở Bloomington, Indiana, $100,000 cho đến ngày 3 tháng tư. Tất cả những đóng góp sẽ dành cho khoản vay thế chấp quản lý bởi một ủy ban dẫn dắt bởi Eisenberg.[59] Thành lập vào năm 1971, Middle Way cung cấp chỗ ở cho phụ nữ và trẻ con bỏ nhà ra đi vì bạo hành gia đình ở nhà. "Đó là một đoàn thể phi thường," Eisenberg đã nói với một phóng viên. "Đây là nơi mà những người dân được trải nghiệm một chương trình tuyệt vời và cuối cùng là làm việc ở đó. Nó đã cứu được rất nhiều mạng sống."[60] Eisenberg cũng là một diễn viên của Theater of War, một tổ chức phi lợi nhuận đóng những tác phẩm của Sophocle bao gồm Ajax và Philoctetes cho các tổ chức quân đội và công dân khắp nước Mỹ và châu Âu.[61] "Là một diễn viên, đôi khi bạn cảm thấy bị giới hạn bởi vai diễn bạn tham gia; trong những câu chuyện không có nhiều ý nghĩa. [Theater of War] cho phép bạn làm một việc nhiều ý nghĩa và tạo lợi ích cho con người... Đó là một mục đích cao cả hơn chỉ là một thú vui," Eisenberg nói về tổ chức này.[62]

Eisenberg cũng trình diễn cho Voices of a People's History of the United States, đó là một tổ chức hoạt động để "khuyến khích công dân và làm giàu thêm về nền giáo dục lịch sử bằng cách mang lịch sử nước Mỹ lên sân khấu, đến với công chúng qua những tài liệu gốc."[63] Anh đã đọc tác phẩm của Howard Zinn "The Problem is Civil Disobedience" (1970) cho Voices of a People's History như một phần của sự kiện năm 2011 "Chân dung Đại học New York".[64] Eisenberg tham gia tổ chức Keep America Beautiful, tổ chức "khuyến khích những cá nhân để có trách nhiệm hơn trong việc cải thiện môi trường công cộng,"[65] cũng như Shoe Revolt,  là một "công ty lai khởi động, đấu giá giày của người nổi tiếng để triển khai một kế hoạch xã hội nhằm giáo dục, khuyến khích và tạo động lực cho người trẻ tuổi để đi đầu trong cuộc chiến chống mua bán mại dâm thông qua hoạt động với người đồng trang lứa, huấn luyện, các hoạt động và phát triển tổ chức xã hội."[66]